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双峰县医疗保险局的前身为“双峰县医疗保险基金管理服务中心”，成立于2001年元月1日成立，2002年8月机构改革后更名为“双峰县医疗保险局”，属县劳动和社会保障局二级机构付科级事业单位。
全局下设五个组室：
◆办公室：挂生育保险办牌子，负责人事政工、日常性综合工作。负责生育保险的前期准备工作。
◆医疗管理室：负责医疗管理、住院（转诊转院）审批、医疗费用审核及结算、定点医疗机构和定点药店的审查考核，特殊门诊（家庭病床）的评审管理。
◆基金征缴室：负责医疗保险基金征缴，基金稽查，医保IC卡发放，参保资料登记、资料变更登记，各种医保资料的电脑录入及打印，IC卡的挂失、补办。
◆财务审计室：负责财务审核、个人账户基金核发、医疗费用审核及支出、帐务处理
◆电脑室：负责医保系统的网络管理，各定点医疗机构及药店医保系统的安装维护、技术服务，医保管理端的维护及医保数据库管理